Un documento del 1176 attesta l'esistenza in epoca araba di un casale denominato "Yale" abbandonato verso il 1222. In un altro del 1296 viene citato il feudo di "Lalia" che dal 1366 appartenne alla famiglia Crispo e ai suoi discendenti, fino a quando, nel 1557, fu acquistato dal nobile spagnolo Luca Cifuentes, che lo diede in dote alla figlia Francesca.

Il marito di costei, Pietro Celestri, marchese di Santa Croce, nel 1615 chiese al re di Spagna Filippo III la licenza di popolare il feudo. Il marchese non vide realizzato il suo progetto; morirà di lì a poco.

Grazie alla tenacia di "donna" Francesca Cifuentes Imbarbara, il decreto di concessione divenne esecutorio otto anni dopo, il 10 ottobre del 1623. E' questo l'atto di nascita del comune che, poi, a partire dalla metà del '700, assunse l'attuale denominazione di Alia. Estintasi la famiglia Santa Croce nei primi anni del XIX secolo, ultimi signori di Alia furono i principi di Sant'Elia, che conservarono la signoria fino all'abolizione dei privilegi feudali.

Il luogo che la baronessa di "Lalia" scelse per impiantarvi il nuovo centro corrisponde alla collinetta dove oggi sorgono la Chiesa Madre e il palazzo Guccione, nell'odierno quartiere Rapatello.

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