L'origine del Santuario è molto antica. Vuole la leggenda che qui esistesse un'edicola intitolata allo Spirito Santo, nella quale secondo la leggenda era collocato un masso nella cui incavatura era stata dipinta l'immagine dell'Eterno Padre con una colomba sul petto. Durante la lotta iconoclasta questo dipinto venne sepolto sottoterra e per molto tempo rimase ignorato, finchè un contadino sordomuto, scavando un pozzo, rinvenne il masso. Si accorse con sorpresa della figura e notò che da una lesione al sopracciglio gocciolava sangue. Stupito della scoperta corse verso l'abitato lasciando meravigliati i cittadini che lo sentirono parlare. Successivamente accorsero sul luogo e per consiglio del parroco e delle autorità decisero di trasportare il sacro masso dentro l'abitato servendosi di buoi, ma gli animali non riuscirono a smuoverlo.

Nacque così l'idea di erigere un tempio sul posto con l'aiuto di tutto il popolo. La storia indica invece che qui esisteva un'edicola con un dipinto del Cristo Pantocratore simile a quello di Cefalù (rinvenuto nel 1985). Successivamente venne costruita una chiesetta dedicata a Santa Caterina d'Alessandria inglobando l'edicola che divenne il catino absidale della chiesa. Solamente nel 1576 la piccola chiesa subì una trasformazione architettonica e l'assunzione del titolo dello Spirito Santo. Nel corso del Settecento altri interventi portarono alla definizione della chiesa e, nell'Ottocento, alla realizzazione della cappella laterale dedicata alla Madonna della Provvidenza. All'interno della chiesa vi sono affreschi di Crispino Riggio e di Tommaso Pollace. Ben presto la chiesa divenne luogo di devozione e di pellegrinaggio e ancora oggi si celebra una festa molto partecipata nel giorno successivo alla festività di Pentecoste. Attualmente la chiesa dello Spirito Santo è Santuario Giubilare.